Abilitando il rewrite log si notano errori di rewrite loop.

Qui la soluzione:

http://forum.ait-pro.com/forums/topic/php5-fpm-and-rewrite-rules-giving-you-headaches/

In sostanza il file .htaccess va cambiato così:

# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ - [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/php5-fcgi/
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>
# END WordPress

La riga importante è la

RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/php5-fcgi/

che stoppa il rewrite quando la pagina passa al pool php